Ubicado en el Altiplano central mexicano a 2,900 metros sobre el nivel del mar, el municipio de Emiliano Zapata se sitúa en un eje de coordenadas geográficas entre los 19 grados 34 minutos latitud norte y 97 grados 55 minutos longitud oeste.
Localizado al norte del estado, el municipio de Emiliano Zapata colinda al norte con el estado de Puebla, al sur colinda con el municipio de Terrenate, al oriente se establecen linderos con el estado de Puebla asimismo al poniente colinda con los municipios de Tlaxco y Lázaro Cárdenas.
De acuerdo con la información del Instituto Nacional de Estadística, Geografía e Informática, el municipio de Emiliano Zapata comprende una superficie de 49.26 kilómetros cuadrados, lo que representa el 1.23 por ciento del total del territorio estatal, el cual asciende a 3,991.14 4,060.923 kilómetros cuadrados.
Se presentan en el municipio dos formas características de relieve: Zonas accidentadas, que abarcan el 65.0 por ciento de la superficie total, se localizan al norte y noreste del municipio. Zonas semiplanas, que ocupan el 35.0 por ciento de la superficie y se ubican al sur del municipio.
Los recursos hidrográficos del municipio se componen de un arroyo de nombre La Mancera con un recorrido por el municipio de 5.5 km., en dirección norte-sur, así como de otros arroyos de caudal en la época de lluvias y pozos para la extracción de agua.
En el municipio el clima se considera templado subhúmedo, con régimen de lluvias en los meses de junio a septiembre. Los meses más calurosos son abril y mayo. La dirección de los vientos en general es de sur a sureste y al norte, igualmente la temperatura media anual mínima registrada es de 6.5 grados centígrados y la máxima de 22.1 grados centígrados. La precipitación promedio máxima registrada es de 140.8 milímetros y la mínima de 6.8 milímetros.
Los componen sus tierras de cultivo agricola y pastos para la cria de ganado.
Por su ubicación geográfica y clima, corresponde al municipio una vegetación compuesta principalmente por bosques de pino y oyamel, en el primer caso las especies representativas son ayacahuite (Pinus ayacahuite ), pino real (P. montezumae ), pino colorado (P. patula ), pino blanco (P. pseudostrobus ) y teocote (P. teocote ). En el segundo caso la especie dominante es el oyamel (Abies religiosa), contando en su masa forestal algunos individuos aislados de pinabete (Pseudotsuga macrolepis ).
El bosque de pino, constituido por teocotes, pino colorado, pino blanco, y pino ayacahuite, presentan una distribución restringida en la sierra del norte del estado, la cual colinda con el vecino estado de Puebla y frecuentemente se encuentran creciendo en microclimas húmedos. Este bosque de pino se encuentra severamente infectado por balitas o injerto de Bosque del municipio de Emiliano Zapata. Pino (Arceuthobium vaginatum), el cual causa deformaciones sobre troncos y ramas. A esta vegetación es frecuente encontrar asociado ailites (Alnus jorullensis), madroño (Arbutus xalapensis), encino rugoso (Quercus rugosa) y tepozán de cerro (Buddleia parviflora).
No obstante el crecimiento y expansión de la mancha urbana, en el territorio del municipio, todavía es común encontrar algún tipo de fauna silvestre como por ejemplo: ardilla (Spermophilus mexicanus), conejo (Silvilagus floridanus), liebre (Lepus californicus), tlacuache (Didelphys marsupialis), aves como el búho (bubo virginanus), gavilán (Falco sparverius) y zopilote (Coragyps atratus).
Existen en el territorio del estado los suelos tipo cambisoles, litosoles, andosoles, regosoles, gleysoles, fluvisoles, vertisoles, solonchaks, ranker, rendzinas, serosoles e histosoles. En el territorio del municipio de Emiliano Zapata se advierten tres grandes tipos de suelos: los ranker, litosoles y andosoles. Corresponden a los ranker aquellos suelos poco desarrollados, delgados a profundos, poseen un horizonte A úmbrico con menos de 25 centímetros de profundidad. Los suelos litosoles, son extremadamente delgados, la roca se encuentra a menos de 10 centímetros de profundidad. Por último los suelos de tipo andosoles, son de sedimentos piroclásticos, por lo general bien desarrollados de profundidad media a profundos muy sueltos.